Le Missionarie di san Carlo Borromeo nascono dal desiderio di alcune ragazze di condividere gli ideali della Fraternità san Carlo. Nel 2005 Rachele Paiusco si trasferisce a Roma insieme ad altre compagne per seguire don Massimo Camisasca e don Paolo Sottopietra. Ai primi volti se ne aggiungono altri poco dopo. Inizia così il primo seme della vita comune, scandita da una regola di preghiera, di studio e di lavoro.
Il 25 marzo 2007, solennità dell’Annunciazione, la piccola comunità viene riconosciuta come Associazione privata di fedeli dal vescovo di Porto-Santa Rufina, monsignor Gino Reali. In questo periodo, le Missionarie sono guidate da don Paolo Sottopietra come superiore generale. Pochi mesi dopo, il cardinale Camillo Ruini, vicario di Roma, mette a disposizione una casa nel quartiere della Magliana che diventerà la prima Casa di formazione. Sono gli anni in cui, appoggiandosi all’esperienza della Fraternità, si definiscono i tratti fondamentali e la regola della comunità. Prendono vita una scuola teologica e filosofica, interna alla Casa di formazione, le caritative, la collaborazione con i sacerdoti della Fraternità in parrocchia. La casa viene ristrutturata per accogliere le giovani che arrivano anche da paesi lontani come il Cile, l’Argentina, il Messico, gli Stati Uniti, la Spagna e la Repubblica Ceca. Don Massimo ha definito fin da subito il rapporto delle Missionarie con la Fraternità san Carlo come “una famiglia in due istituti”, per indicare la comunione profonda che lega due realtà distinte nei loro governi.
Dopo i voti temporanei di verginità, povertà ed obbedienza di Rachele Paiusco nel 2008 e il riconoscimento del 25 marzo 2011 come associazione pubblica di fedeli da parte di monsignor Gino Reali, nel 2012, le Missionarie aprono una casa a Nairobi, in Kenya, dove sono già presenti i sacerdoti della Fraternità san Carlo. La vita della comunità, raccolta e custodita fino a quel momento a Roma, si allarga così agli orizzonti della missione.
Quando nel 2012 il Santo Padre Benedetto XVI nomina don Massimo Camisasca vescovo della diocesi di Reggio Emilia-Guastalla, le Missionarie aprono una casa a Reggio Emilia per accompagnare, sostenere e servire i primi anni della sua vita episcopale.
Nel 2013 la Fraternità San Carlo elegge suo superiore generale don Paolo Sottopietra e mons. Gino Reali nomina Rachele Paiusco superiora generale delle Missionarie di san Carlo.
Nel settembre 2015 due missionarie partono per una nuova missione a Denver, negli Stati Uniti. Nel 2016 la Casa di formazione e la sede dell’Istituto si trasferiscono in un nuovo immobile sito in via Aurelia Antica, nel cuore di Roma, affidato loro dall’Amministrazione del Patrimonio della Sede Apostolica. Nello stesso anno la casa della Magliana diventa una casa di missione. Ad agosto 2019 avviene l’apertura della quarta casa di missione a Grenoble, in Francia.
Dal 29 maggio al 2 giugno 2019 le Missionarie svolgono la loro prima Assemblea Generale, che conferma suor Rachele come superiora generale e costituisce per la prima volta un governo indipendente dalla Fraternità Sacerdotale san Carlo e formato da cinque missionarie.
Le missionarie sono ora 31: 18 professe definitive, 9 professe temporanee e 4 novizie.